ยาสูบมีแหล่งกำเนิดตอนกลางของทวีปอเมริกา แม้มนุษย์จะรู้จักใบยาสูบมาประมาณสองพันปีแล้ว แต่ก็มิได้สูบกันอย่างเป็นนิสัย จนกระทั่งพวกอินเดียแดงซึ่งเป็นชาวพื้นเมืองของอเมริการุ้จักใช้ยาสูบกันอย่างแพร่หลาย จึงได้มีการทำไร่ยาสูบกันทั่วไป
การบันทึกประวัติของยาสูบมีขึ้นเมื่อวันที่ 12 ตุลาคม พ.ศ. 2035 เมื่อโคลัมบัส (Chistopher Columbus) ขึ้นฝั่งที่ซานซัลวาดอร์ (San Salvador) ในหมู่เกาะอินดีสตะวันตก ได้เห็นชาวพื้นเมืองเอาใบไม้ชนิดหนึ่งมามวน จุดไฟตอนปลายแล้วดูดควัน ตามบันทึกกล่าวว่า ชาวพื้นเมืองมวนยาสูบด้วยใบข้าวโพด

ชาวสเปน เรียกยามวนนี้ว่า ซิการา (cigara) ซึ่งต่อมาเพี้ยนเป็นคำว่าซิการ์ (cigar) จากหลักฐานและการขุดพ้นซากปรักหักพังของเมืองเก่าของพวกมายา บนคาบสมุทรคาร์เทน (Cartan) ประเทศเม็กซิโก ได้พบกล้องยาสูบสมัยโบราณ ลักษณะตรงโคนสำหรับดูดยา แยกออกเป็นสองง่ามสำหรับอัดเข้าไปในจมูก ด้วยเหตุนี้ที่ชาวอเมริกันโบราณจึงสูบยากันทางจมูก และกล้องชนิดนี้ คนพื้นเมืองเรียกว่า ทาบาโค (tabaco) ซึ่งเป็นต้นกำเนิดของคำว่า โทแบคโค (tobacco)
การเพาะปลูกยาสูบในแหล่งอื่นๆ ได้เริ่มที่หมู่เกาะไฮติ เมื่อ พ.ศ. 2074 โดยได้เมล็ดพันธุ์จากเม็กซิโก และขยายไปยังหมู่เกาะข้างเคียงจนกระทั้ง พ.ศ. 2123 จึงได้เริ่มปลูกในคิวบาและต่อไปจนถึงกายอานา และบราซิล  ปลายพุทธศตวรรษที่ 22 แพร่หลายไปยังทวีปยุโรป เอเชีย และแอฟริกา มีหลักฐานแสดงว่ามนุษย์ในสมัยโบราณรู้จักการปลูกยาสูบเพื่อนำไปซอยและมวนสูบ นอกจากนี้ยังเป็นที่ทราบกันว่ายาสูบมีคุณสมบัติเป็นยาฆ่าเชื้อโรคที่ดีอย่างหนึ่งด้วย
สำหรับประเทศแรกที่เริ่มปลูกยาสูบในเอเชีย คือ ประเทศฟิลิปปินส์ จากนั้นจึงแพร่หลายไปยังประเทศอินเดีย ประเทศจีน และประเทศอินโดนีเซีย ตามลำดับ
ในประเทศไทยแม้จะไม่มีหลักฐานแน่ชัดว่าคนไทยเริ่มการสูบยาเมื่อใด แต่จากหลักฐานที่พบและรวบรวมได้ เช่น กล้องยาสูบในสมัยสุโขทัยก็อาจทำให้เชื่อได้ว่าคนไทยมีวัฒนธรรมที่เกี่ยวข้องกับยาสูบมาประมาณ 700 ปี แต่ถ้าจากหลักฐานทางลายลักษณ์อักษร ก็เชื่อได้ว่าวัฒนธรรมการสูบยาในประเทศไทยมีมานานกว่า 300 ปีแล้ว จากการบันทึกของหมอสอนศาสนาในสมัยกรุงศรีอยุธยา โดยบันทึกไว้ว่าเมื่อเขาเข้ามาในเมืองไทยในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราชนั้นพบว่า คนไทยสูบยากันทั่วไป โดยชาวเปอร์เซียเป็นผู้นำเข้ามา เป็นการสูบยาในลักษณะหั่นใบยา ที่มวนด้วยใบตองหรือใบบัว และมีการสูบจากกล้องหรือเคี้ยวเส้นยาสูบ และบางทีก็ป่นเป็นผงสูดเข้าจมูกแบบยานัตถุ์
ลักษณะของยาสูบมี 3 ลักษณะคือ การเอายาเส้นมามวนด้วยกระดาษ หรือเรียกกันว่า “บุหรี่” แต่ถ้านำเอายาเส้นมาใส่ลงไปในปลายกล้องยาแล้วสูบผ่านกล้องจะเรียกว่า “ไปป์” (Pipe) และถ้านำเอายาสูบมาพันกันไปมาจนเป็นมวนโตแล้วสูบเรียกว่า “ซิการ์” (Cigar)
นอกจากนี้สมเด็จกรมพระยาดำรงชานุภาพได้บันทึกว่ามองสิเออร์ เดอ ลาลูแบร์ เอกอัครราชทูตชาวฝรั่งเศสได้เขียนเล่าเรื่องประเทศสยามว่าคนไทยชอบใช้ยาสูบอย่างฉุนทั้งผู้ชายและผู้หญิง ใบยาที่ใช้นั้นได้มาจากเกาะมะนิลาบ้าง เมืองจีนบ้างและปลูกในพื้นเมืองบ้าง ลักษณะของยาสูบหรือมวนบุหรี่ในสมันนั้นจะมีก้นแหลม มวนด้วยใบตองหรือใบจากตากแห้ง ต่อมาในสมัยของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ พระองค์เจ้าสิงหนาทดุรงฤทธิ์ก็ได้ทรงประดิษฐ์ก้นป้านขึ้นมาเพื่อสูบควันและอมยากับหมากพร้อมกัน ครั้นถึงสมัยพระบามสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีผู้ดัดแปลงบุหรี่ก้นป้าน โดยตัดยาเส้นให้พอดีกับวัสดุที่ใช้มวนคือ ใบตองแห้ง ใบตองอ่อนและใบบัว และได้รับความนิยมอย่างมาก
คนไทยแต่เดิมเรียกยาสูบเป็นคำกลางๆ ว่า “ยา” และใช้คำว่ายาไปประกอบกับคำอื่นๆ ที่บอกลักษณะของยาสูบแต่ละประเภท เช่น ยาเส้น ยาฉุน ยาจืด ยามวน เป็นต้น
คำว่า “ยา” ในความหมายที่เป็นยาสูบในระยะแรกเข้าใจว่าคงไม่มีความหมายในเชิงลบ เพราคนไทยสมัยก่อนใช้ยาสูบในการบำบัดรักษาโรค เช่น ใช้ใบรักษาฝี ห้ามเลือด  ใช้สูบเพื่อรักษาโรคหืดหรือบดใบยาสูบทำยาฆ่าแมลง ทั้งนี้เพราะสารนิโคตินในใบยาสูบมีคุณสมบัติในการฆ่าสิ่งมีชีวิตสามารถใช้ผสมยารักษาสัตว์ และที่สำคัญคือ มีผลกระตุ้นระบบการทำงานต่างๆ ของร่างกายทำให้เกิดการผ่อนคลายรู้สึกสบายใจในขณะสูบ

แต่มีหลักฐานในการนำเข้าสายพันธุ์ยาสูบพันธุ์ต่างประเทศเข้ามาปลูกในสยามครั้งแรก โดยเป็นการทดลองปลูกครั้งแรกที่สถานีทดลองกสิกรรม ห้วยแม่โจ้
การเพาะกล้าและปลูกยาสูบครั้งนั้น เป็นพันธุ์เวอร์ยิเนีย (Verginia) ซึ่งเป็นพันธุ์ต่างประเทศมีอยู่ราว 10 สายพันธุ์ แต่ที่ปลูกได้ในเวลานั้นมี 4 สายพันธุ์เท่านั้น คือ Hickory, White Berley, Maryland และ Joiner โดยสายพันธุ์ที่นำมาทดลองปลูกครั้งแรกได้แก่พันธุ์ Joiner และ White Berley มีหม่อมเจ้าสิทธิพร กฤดากร อธิบดีกรมตรวจกสิกรรม เป็นองค์ประธานในการปลูกต้นแรก เมื่อวันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2476
ในเวลาต่อมาวิชาการด้านยาสูบได้ปฏิบัติติดต่อกันจนจัดตั้งสาขาพืชไร่ คณะผลิตกรรมการเกษตร ตามพระราชบัญญัติสถาบันเทคโนโลยีการเกษตร เมื่อปี พ.ศ. 2518 ด้วย และยังได้เน้นเรื่องยาสูบเป็นสาขาวิชาเอกอีกด้วย

ธรรมชาติของยาสูบแตกต่างจากพืชอื่นใบของยาสูบมีสารประกอบไนโตรเจนจนหมู่หนึ่งที่เรียกว่า “แอลคาลอยด์” ซึ่งมีนิโคตินเป็นส่วนใหญ่นิโคตินเป็นองค์ประกอบที่ทำให้เกิดลักษณะเฉพาะตัวของยาสูบ หรืออาจกล่าวได้ว่านิโคตินคือยาสูบ ต้นยาสูบจะผลิตสารนิโคตินที่รากแล้วส่งไปเก็บไว้ที่ใบดังนั้นถ้าต้นยาสูบมีรากมากก็มีแนวโน้มที่จะผลิตสารนิโคตินได้มากตามไปด้วย ใบยาเหล่านี้เมื่อเกิดการเผาไหม้ จะทำให้เกิดสารประกอบต่างๆ อีกจำนวนมากทำให้เกิดกลิ่นสีและรสต่างๆ ความหอม และความฉุน ซึ่งแตกต่างกันไปตามประเภทของยาสูบ
ใบยาสูบแต่ละประเภทจะมีปริมาณสารประกอบเคมีทำให้เป็นลักษณะเด่นแตกต่างกันเช่น

จากความแตกต่างของปริมาณสารประกอบเป็นเหตุผลหนึ่งที่อุตสาหกรรม ผลิตบุหรี่จำเป็นต้องผสมใบยาประเภทต่างๆ เข้าด้วยกันตามสัดส่วน เพื่อให้ได้ทั้งกลิ่นและรสเป็นที่พอใจของผู้สูบ อย่างไรก็ดี ใบยาสูบทุกประเภทหากนำมาสังเคราะห์องค์ประกอบเคมีต่างๆ จะได้เหมือนกันหมด เพียงแต่มีปริมาณแตกต่างกันเท่านั้น นอกจากนี้ระดับความแก่สุกของใบยาและตำแหน่งของใบบนลำต้น เช่น ใบยาส่วนยอด ส่วนกลางและส่วนล่าง ก็มีส่วนประกอบทำให้ทางเคมีและคุณสมบัติอื่นๆ เช่น กลิ่นและรสแตกต่างกันด้วย