การเพาะกล้ายาสูบ ต้นยาสูบในไร่จะเจริญเติบโตดี ต้องมาจากต้นกล้าที่สมบูรณ์แข็งแรง เมื่อนำไปปลูกแล้วต้นกล้าตายน้อยที่สุด ดังนั้นการเพาะกล้ายาสูบจึงเป็นงานอันดับแรกของการทำไร่ยาสูบ หากต้นกล้าตายเพราะไม่แข็งแรง หลังการปลูกประมาณหนึ่งสัปดาห์ ควรจะมีการปลูกซ่อมกล้า แต่ไม่ควรจะปลูกซ่อมบ่อยๆ เพราะการซ่อมกล้าจะทำให้คุณภาพของใบยาลดลง เพราะการเก็บใบยาสูบไปบ่ม ผู้เก็บมักจะเก็บทุกต้นเดือนเหมือนกันหมด ทำให้มีใบยาที่ไม่สุกติดเข้าไปบ่มด้วยจึงทำให้คุณภาพใบยาลดลง

ต้นกล้าจะมีความสมบูรณ์และแข็งแรงได้นั้น ต้องอาศัยการเตรียมและทำแปลงเพาะกล้าที่ดีมาก่อน เริ่มตั้งแต่การเลือกที่ดินที่อุดมสมบูรณ์ และมีการระบายน้ำดี ถ้าเป็นดินบุกเบิกใหม่ยิ่งดี จากนั้นก็ถึงการหว่านเมล็ด เนื่องจากเป็นเมล็ดที่มีขนาดเล็กมาก จึงควรนำเมล็ดผสมขี้เถ้าในการหว่าน หรือใช้สูตรการพอกเมล็ดจากโรงงานยาสูบ ที่ได้ค้นคิดสูตรการพอกเมล็ดพันธุ์ให้มีขนาดใหญ่ เพื่อหว่านให้กระจายทั่วแปลง จากนั้นรดน้ำให้ชุ่มแล้วคลุมแปลงเพาะด้วยผ้าดิบ เพื่อป้องกันแสงแดดในเวลากลางวัน และลดแรงกระทบจากน้ำฝนในฤดูฝน แต่ถ้าเป็นฤดูแล้งอาจจะใช้แกลบคลุมได้

ภาพสีน้ำแสดงเมล็ดยาสูบที่มีขนาดเล็กมาก
เมล็ดยาสูบที่มีขนาดเล็กมาก คล้ายกับจุดของปากกาหมึกแห้ง เมล็ดยาสูบ 1 กรัม มีจำนวนประมาณ 10,000 – 12,000 เมล็ด

จากนั้นให้รดน้ำวันละ 4 ครั้งจนกว่าเมล็ดจะงอก จึงค่อยๆ ลดเหลือวันละ 2 ครั้ง ส่วนการพ่นยาป้องกันโรคและแมลงจะต้องทำทุกสัปดาห์ หลังจากเมล็ดงอกแล้ว โรคที่สำคัญในแปลงเพาะได้แก่ โรคโคนเน่า และโรคแอนแทรกโนส สำหรับแมลงได้แก่ แมลงหวี่ขาว และหนอน เป็นต้น เมื่อกล้ายาสูบมีอายุ 35-45 วัน จึงถอนย้ายไปปลูกในไร่